En la historia de sus aguas tejen vida diferentes relatos sobre piratas, deidades aborígenes y bellezas sin igual. Luego de la conversión de la Bahía de Hudson en mar interior, la de Nipe se convirtió, de las de bolsa, en la más grande del mundo por sus mil 700 millones de metros cúbicos de agua aproximadamente.

Debido a su extensión y condiciones para el mismo, en sus aguas radicó el primer aeródromo de Cuba. Según narra el imaginario popular, en ella encontraron la imagen de la virgen de la Caridad del Cobre, y también habitaron los dioses aborígenes Taguabo y Macaibó.